Yosuke Hayashi, director de Team Ninja ha declarado en el último número de la revista OXM, que la compañía comenzó a trabajar en Ninja Gaiden 3 justó tras acabar la segunda entrega porque no estaban plenamente satisfechos con el resultado. Estas han sido sus palabras:
"Después de finalizar Ninja Gaiden 2, no quedamos satisfechos por lo tanto comenzamos a trabajar inmediatamente en Ninja Gaiden 3. Los miembros clave del equipo vieron muchos aspectos que deberíamos ser capaces de mejorar. [...] Con Ninja Gaiden 3 ya veremos el resultado, si es lo suficientemente bueno quizás no necesitemos la necesidad de hacer otra entrega."
