Activision ha publicado escasos 19 segundos de la secuela Prototype 2 con una introducción de Penny Arcade.
Esta vez Prototype 2 introduce un nuevo personaje principal, el sargento James Hellen, quien es secuestrado por Alex Mercer e infectado con los mismos poderes que el primer protagonista de Prototype. Hellen no quiere convertirse en un monstruo y por motivos que desconocemos hace responsable a Mercer de la muerte de su familia, es hora de dar cazar al portador original de esta infección.